2019年《中华炎性肠病杂志》发表《克罗恩病肛瘘诊断与治疗的专家共识意见》，共识明确推荐间充质干细胞治疗克罗恩病肛瘘。

干细胞局部注射对克罗恩病肛瘘有一定的治疗作用。近期在欧洲7个国家和以色列共49家医院进行的一项多中心的三期随机、双盲、平行、安慰剂对照的临床试验（ADMIRE-CD，NCT01541579）报道了局部注射自体脂肪来源的间质干细胞对CD复杂性肛瘘的疗效。该研究共纳入212例患者，24周时治疗组和安慰剂组症状缓解率分别为49.5%和34.3%（P = 0.024），该结果表明干细胞对pfCD患者有一定的治疗作用，且目前尚未见干细胞相关不良反应的报道。